차등수가제 도입 등으로 인한 청구방식 변경으로 인한 청구 혼란은 발생하지 않은 대신 또다시 지급이 늦어지고 있는 것으로 나타났다. 27일 개국가에 따르면 청구프로그램 패치버전이 늦게 출시돼 상당수 청구자체가 늦어진데다 월초인 1~3일 조기 청구한 약국도 아직까지 급여비 지급을 받지 못한 것으로 알려졌다. 이같이 8월 청구가 늦어지거나 급여지급이 지연되면서 개국가는 월말결제에 큰 어려움을 겪을 수 밖에 없는 상황에 직면했다. 또 이미 직원급여비 지급에만 애를 먹은 약국이 늘고 있다. 실제 복지부가 매일 발표하는 건강보험 청구현황을 살펴보면 25일 현재 요양기관의 청구율이 7월 대비 15%가 줄었다. 또 월초 청구요양기관 수는 평소에 비해 절반이상 수치가 뚝 떨여져 제때 청구한 약국이 크게 줄었음을 증명했다. 이와관련 약국의 경우 프로그램 안정성 미비 및 패치판 등록지연으로 인해 월초청구가 줄어든 후 15일을 전후로 활성화되기 시작한 것으로 전산업계와 개국가는 분석했다. . 급여지급 일정의 지연과 관련해서는 1일 청구해 17일 심결 처리된 강남 N약국의 경우 아직까지 급여지급이 이뤄지지 않았으며 1일 청구 19일 심결처리된 동작 S 약국도 급여비를 받지 못하는 등 심사와 급여지급일정도 늦어지고 있다. 이같이 청구와 지급이 전체적으로 늦어지면서 약국은 7월 심평원 프로그램 교체에 따른 급여지급 지연에 이어 8월에도 월말 결제를 걱정해야하는 어려움을 겪고 있다. 특히 8월 휴가철을 맞아 일반매약과 처방조제 건수가 크게 떨어지면서 개국가의 자금사정이 더욱 악화된 실정으로 이번 청구 및 급여 지급의 지연으로 심각한 타격을 받는 약국도 상당수에 달할 것으로 전망된다.