대다수 지역의사회가 해당 지역 대형병원의 처방의약품을 지역처방약목록(지역목록)에 포함시키지 않고 약사회에 통보할 움직임을 보이고 있어 논란이 예상된다. 서울 K의사회 관계자는 \"관내 대학병원 처방의약품을 받되 지역목록과 조정하지 않고 약사회로 넘길 예정이다\"고 말했다. 대학병원인 B병원, Y병원이 소재한 서울 N의사회의 경우 최근 지역목록을 1차 확정했지만 이들 대학병원측과 지역목록 선정하기 위해 협의를 거치지 않은 것으로 알려졌다. N의사회도 이들 대학병원 의약품을 지역목록에서 제외하고, 약사회에 별도 통보하겠다는 입장이다. 이런 양상은 서울 뿐 아니라 지방에 소재한 지역의사회에서도 나타나고 있다. 경기도 B의사회도 지역 개원의들이 제출한 의약품과 B 대학병원 의약품을 종합해 단일한 지역목록을 선정하는 것은 현실적으로 무리라고 밝혔다. 서울 K의사회측은 \"개원의와 대형병원에서 처방하는 의약품이 상당부분 달라 양 목록을 조정한다면 개원의들이 사용하는 의약품의 입지가 크게 좁아질 수 있다\"고 설명했다. 그러나 현행법상 지역목록에서 대형병원 의약품이 배제될 경우 상당한 혼란을 야기할 수 있다. 개정약사법에 따르면 지역의사회는 해당 지역의 대형병원을 포함한 모든 의료기관의 처방약 목록을 정리한 지역목록과 그 범위 내에서 조정한 의료기관별 처방약목록을 약사회에 제출하도록 규정하고 있다. 또한 의사 또는 의료기관이 처방목록에 포함된 의약품과 동일성분의 다른 품목을 반복처방하면 담합행위에 간주한다. 따라서 현재 추세대로 지역의사회가 대형병원과 지역목록 선정을 위한 협의를 하지 않을 경우 앞으로 이들 대형병원들은 약 처방에 큰 제한을 받을 것으로 우려된다.